南通海關現為正處級單位，歸屬南京關區，受南京海關領導，負責南通口岸進出境貨物、運輸工具監管，進出境人員行李物品驗放，辦理征收關稅和其他稅費，查緝走私，編制海關統計等海關業務。截至2007年11月，南通海關下設15個科（處）室和3個副處級辦事處：辦公室、綜合科、通關科、物流監控科、查驗科、備案科、核銷科、保稅業務監管科、綜合業務科、統計科、稽查科、政治工作辦公室（機關黨委、工會）、人事政工科、監察審計室、技術科、財務科、機關服務中心、駐開發區辦事處(駐出口加工區辦事處）、駐啟東辦事處。

1998年，全國打私會議后，國家在海關總署設立緝私局，配備專職緝私警察，實行海關總署和公安部雙重領導、以海關總署領導為主的管理體制。根據上級的部署，1999年8月12日，南通海關緝私分局正式成立。分局下設辦公室、政工辦、偵查科、法制科、情報技術科、查私科、緝私中隊等7個科級部門。

南通海關的管轄區域為南通全市。隨著南通市對外開放的不斷擴大，南通市在蘇中的龍頭地位日益突出，南通海關各項業務工作不斷取得好成績，監管進出口貨運量、征收關稅和進口環節稅等主要業務指標在關區處前列。南通海關始終保持打擊走私高壓態勢，對各類走私違法行為嚴防猛打，有力地維護了本口岸的進出口秩序。

南通海關堅決貫徹“依法行政、為國把關、服務經濟、促進發展”工作方針，大力推進通關作業改革，加快建設現代化海關制度，“管好自己的人，把好國家的門”，為促進經濟發展，服務江蘇“兩個率先”做出了貢獻。